XML da NFS-e não é bem formado

O que significa

O documento enviado não é um XML válido — mesmo requisito de processamento do Validador de NF-e, agora aplicado ao leiaute nacional da NFS-e (DPS/NFS-e).

Exemplo — errado × certo

<NFSe>
  <infNFSe Id="NFS...">
    <prest><CNPJ>12345678000199</CNPJ>
  </infNFSe>
</NFSe>

<NFSe>
  <infNFSe Id="NFS...">
    <prest><CNPJ>12345678000199</CNPJ></prest>
  </infNFSe>
</NFSe>

Como corrigir no seu sistema

1. Rode o XML por um validador de sintaxe (xmllint, ou o botão "Formatar XML" do Validador) antes de qualquer outra checagem.
2. Confira se toda tag aberta tem seu par de fechamento e se atributos estão entre aspas.

Referência normativa

Requisito de processamento — não é uma regra fiscal específica.

Impacto se não corrigir

O documento é rejeitado antes mesmo de avaliar o conteúdo fiscal — a NFS-e não é emitida.